Herleitung:
Am wahrscheinlichsten ist die Herleitung aus einer Zusammensetzung von Hof und Herr.

Belege:
Ausser den ersten Einträgen in Protokollen der Stadt Luzern zum Namen Hofer finden sich keine frühen Akten aus der Habsburgerzeit. Die älteste bekannte Persönlichkeit aus der Familie Hofer Meggen ist der Ahnherr Johannes Hofer, geboren um 1560.

Deutung:
Es könnte sein, dass die Habsburger auf ihren eigenen Gütern und auf jenen, die sie zur Verwaltung zugewiesen erhielten, Herren einsetzten, die den Hof oder die Höfe in ihrem Auftrag verwalten mussten. Nach der Unabhängigkeit von Habsburg kam Meggen ja 1406 zur Stadt Luzern. Der Name Hof – Herren könnte somit sprachlich zu Hofer mutiert haben.

In der Google-Suchmaschine wird angegeben:
Hofer =
oberdeutscher Name für einen Hofbesitzer
als Herkunftsname für jemandem aus einem Ort HOF
als Wohnstättenname